COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 7.870812 4.254803 4.419757
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.521707
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.590707
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.635726
2021-06-04 17:00:00 2.627199 4.803872 4.694677
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 4.776497
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 4.836996

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.062059
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.231061 3.012703
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.150115
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 3.292570
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 3.393485
2021-06-03 17:00:00 3.448276 0.969932 3.543029
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 3.733318

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 9.767629
2021-06-07 17:00:00 1.851852 9.451220 9.139877
2021-06-06 17:00:00 15.422886 15.422886 8.881340
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 8.785228
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 9.012819
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.914634 9.162222
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 9.427564

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.938075
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 5.020187
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.204521
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.331552
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 5.368736
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 5.498001
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 5.601601

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 4.162849
2021-06-07 17:00:00 8.416548 4.244508 4.204911
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 4.319082
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 4.359032
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 4.509074
2021-06-03 17:00:00 5.112570 5.112570 4.640810
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 4.752050

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 5.813271 5.813271 8.765681
2021-06-07 17:00:00 17.032967 17.032967 9.072351
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 9.199378
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 9.406818
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 9.603141
2021-06-03 17:00:00 24.116424 13.004484 9.848734
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 9.920752

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.250870
2021-06-07 17:00:00 2.183406 2.183406 2.105452
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 2.081525
2021-06-05 17:00:00 3.231764 3.231764 2.041892
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 1.976267
2021-06-03 17:00:00 1.207243 0.470588 1.962403
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 1.941556

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 1.804492 2.550954 2.601840
2021-06-07 17:00:00 6.256901 2.206932 2.723811
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 2.820444
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 2.914889
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 2.970950
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.057767
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.083165

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.716922
2021-06-07 17:00:00 0.863132 0.505051 1.843229
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 1.938720
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 2.116885
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.269741
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.376486
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 2.535319

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.783120
2021-06-07 17:00:00 2.090079 1.195286 2.724378
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 2.799892
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 2.906371
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 3.030742
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.250935 3.188623
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.345888

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.537569
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.724138 4.741330
2021-06-06 17:00:00 2.748259 6.278778 4.860633
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 4.978150
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.122915
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.324037 5.391147
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.581321

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 1.119399
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 1.082464
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 1.096235
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 1.061116
2021-06-04 17:00:00 0.000000 0.000000 1.076504
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 1.058951
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.106902

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 4.511686
2021-06-07 17:00:00 1.762115 1.762115 4.449590
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 4.605337
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.620118
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 4.768051
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 5.046430
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.331538

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 3.145724
2021-06-07 17:00:00 2.395210 2.395210 3.062233
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 3.140345
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 3.175046
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.292666
2021-06-03 17:00:00 7.539683 7.539683 3.437955
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.557618

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 2.252992 4.447313 4.487110
2021-06-07 17:00:00 3.898635 7.368421 4.482496
2021-06-06 17:00:00 4.237845 4.237845 4.553589
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 4.453323
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 4.452141
2021-06-03 17:00:00 8.308042 4.613440 4.504839
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.604594

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 7.548542
2021-06-07 17:00:00 9.135400 9.135400 7.754512
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 8.018488
2021-06-05 17:00:00 7.453704 7.453704 8.641804
2021-06-04 17:00:00 6.220248 6.220248 8.917100
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 9.497496
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 9.839809

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 0.876644 2.003757 2.185487
2021-06-07 17:00:00 0.674663 0.674663 2.222302
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 2.295104
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 2.253555
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.292131
2021-06-03 17:00:00 4.634831 4.634831 2.266095
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 2.254206

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.643226
2021-06-07 17:00:00 4.961832 4.961832 5.695186
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 5.829304
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 5.933893
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 6.005586
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.087037
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.096162

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 1.839738 3.260425 3.304086
2021-06-07 17:00:00 6.065201 6.065201 3.223356
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 3.257471
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 3.232819
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 3.274765
2021-06-03 17:00:00 5.090312 5.090312 3.338556
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.401025

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 4.719087
2021-06-07 17:00:00 4.054054 4.054054 4.414859
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 4.381084
2021-06-05 17:00:00 3.769841 7.224335 4.295588
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.522812
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.023891 4.498071
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 4.530297

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 4.379227
2021-06-07 17:00:00 9.677419 2.542373 4.883862
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 5.443270
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 5.624763
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 5.748339
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 6.023063
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 6.299639

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-08 17:00:00 -0.374748 6.772597 5.271615
2021-06-07 17:00:00 3.049759 3.049759 5.251583
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.356832
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.499370
2021-06-04 17:00:00 0.315861 6.006453 5.681088
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 5.943288
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 6.257962

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.465483 2.465483 3.062059
Basilicata 10.670732 10.670732 9.767629
Calabria 2.476654 2.476654 4.938075
Campania 3.191760 3.191760 4.162849
Emilia-Romagna 5.813271 5.813271 8.765681
Friuli Venezia Giulia 3.722084 3.722084 2.250870
Lazio 1.804492 2.550954 2.601840
Liguria 1.565996 1.565996 1.716922
Lombardia 2.449495 2.449495 2.783120
Marche 2.685110 2.685110 4.537569
Molise 1.910828 1.910828 1.119399
P.A. Bolzano 4.229607 4.229607 4.511686
P.A. Trento 3.281250 3.281250 3.145724
Piemonte 2.252992 4.447313 4.487110
Puglia 5.030030 5.030030 7.548542
Sardegna 0.876644 2.003757 2.185487
Sicilia 5.432855 5.432855 5.643226
Toscana 1.839738 3.260425 3.304086
Umbria 4.812030 4.812030 4.719087
Valle d'Aosta 5.442177 5.442177 4.379227
Veneto -0.374748 6.772597 5.271615

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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